Este artículo describe cómo la incertidumbre previa acerca de la homología de distintas partes de los organismos, y por lo tanto de los caracteres contenidos en esas partes, puede analizarse recodificando el conjunto de caracteres en un carácter complejo. En este carácter complejo, los estados representan combinaciones de estados y de homologías entre los caracteres originales, y los costos de transformación entre estados se establecen en valores que maximizan la homología (ponderada). Esto permite un tratamiento adecuado tanto de las homologías alternativas como de la inaplicabilidad de los caracteres contenidos en partes que pueden estar ausentes o presentes. Todos los métodos descritos están implementados en el programa TNT, con una sintaxis relativamente simple. Esto facilita el tratamiento de caracteres en partes del cuerpo de homología incierta, incluyendo partes que pueden aparecer o desaparecer, haciendo que sus caracteres resulten inaplicables. Los análisis también pueden combinarse con definiciones de otros tipos de dependencias (por ejemplo, restricciones morfofuncionales, o inaplicabilidades determinadas a partir de caracteres externos a las partes de homología ambigua). Aunque la recodificación en combinaciones de estados y homologías permite manejar un número relativamente bajo de caracteres por parte (debido al tiempo de cómputo y a los requerimientos de memoria RAM), TNT también implementa opciones que facilitan la creación de alineamientos estáticos alternativos, permitiendo un análisis aproximado de un mayor número de caracteres.
Pablo Goloboff