Gracias al decreto 310/2007 se crea la actual estructura organizativa del CONICET que incluye gerencias, CCTs y Unidades Ejecutoras (UE). Desde la aparición de dicho decreto, un grupo de especialistas que trabajábamos en la manzana del Lillo iniciamos el largo camino de generar y aplicar para una UE.
A principios del 2013 presentamos la documentación que luego de un tiempo fue aprobada por medio de un convenio entre el CONICET (nuestro empleador y financiador) y la contraparte, la Fundación Miguel Lillo (organismo sin fines de lucro dependiente del Ministerio de Educación Provincial). Finalmente, a mediados de 2014 salió la resolución oficializando la UE Lillo (Res. 2447/2014).
Nuestra Unidad Ejecutora Lillo (UEL) agrupa a personal del CONICET que sigue tres carreras: científica, técnica y administrativa, además de las becas CONICET y Agencia que permiten desarrollar y doctorarse.
Nuestra gente pertenece mayoritariamente a las Ciencias Biológicas con formaciones y experticias muy bien definidas, ya sea en la teoría y metodología y el desarrollo de software en filogenia y biogeografía, como así también el estudio y conocimiento de organismos actuales y fósiles.
El primer director por concurso fue Pablo Goloboff acompañado por Gustavo Scrocchi como vicedirector (2014-2019).