{"id":496,"date":"2017-09-13T15:42:26","date_gmt":"2017-09-13T18:42:26","guid":{"rendered":"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/\/?p=496"},"modified":"2017-09-24T03:07:02","modified_gmt":"2017-09-24T06:07:02","slug":"curso-de-posgrado-analisis-filogenetico","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/2017\/09\/13\/curso-de-posgrado-analisis-filogenetico\/","title":{"rendered":"Curso de posgrado 2017: An\u00e1lisis Filogen\u00e9tico y uso de TNT \u201cClad\u00edstica Buc\u00f3lica\u201d"},"content":{"rendered":"<p><figure id=\"attachment_573\" aria-describedby=\"caption-attachment-573\" style=\"width: 400px\" class=\"wp-caption alignleft\"><img loading=\"lazy\" src=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/arbol-enraizado-400x240.jpg\" alt=\"\" width=\"400\" height=\"240\" class=\"size-medium wp-image-573\" srcset=\"https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/arbol-enraizado-400x240.jpg 400w, https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/arbol-enraizado-768x461.jpg 768w, https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/arbol-enraizado-760x456.jpg 760w, https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/arbol-enraizado.jpg 883w\" sizes=\"(max-width: 400px) 100vw, 400px\" \/><figcaption id=\"caption-attachment-573\" class=\"wp-caption-text\">\u00c1rbol (enraizado)<\/figcaption><\/figure><a href=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/author\/pablo-goloboff\/\">Pablo Goloboff<\/a>, autor de <a href=\"http:\/\/onlinelibrary.wiley.com\/doi\/10.1111\/cla.12160\/abstract\">TNT<\/a> (y algunos colaboradores de la UEL) dictar\u00e1n este curso de 50 horas, el cual no se imparte desde 2010; y se llevar\u00e1 a cabo del 20 al 24 de Noviembre de 2017, con puntaje por la Universidad Nacional de Tucum\u00e1n.<\/p>\n<p>Pero aqu\u00ed no acaba la historia&#8230; la UEL (CONICET \u2013 FML) est\u00e1 en negociaciones para crear una estaci\u00f3n biol\u00f3gica en Batiruana, cercan\u00edas del <a href=\"https:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Dique_Escaba\">Dique Escaba<\/a>, con la colaboraci\u00f3n de la comuna de Batiruana, <a href=\"http:\/\/www.tucuman.gov.ar\/\">Gobernaci\u00f3n de Tucum\u00e1n<\/a>, e <a href=\"http:\/\/www.hidrotuc.com.ar\/\">Hidroel\u00e9ctrica Tucum\u00e1n<\/a>.\u00a0Es en el marco de este proyecto que se dictar\u00e1 este curso.<\/p>\n<p>La comuna de Batiruana es un emprendimiento tur\u00edstico sin impacto ambiental, con instalaciones de servicios y facilidades a s\u00f3lo metros de distancia de las yungas tucumanas (Se puede tener una idea del lugar del curso viendo el <a href=\"https:\/\/youtu.be\/QOjsq-UXtnw?t=183\">video<\/a> y las fotos aqu\u00ed mostradas). Un sal\u00f3n de clase en la hoster\u00eda misma, a metros de la selva, y sin se\u00f1al de internet, es la situaci\u00f3n ideal para una inmersi\u00f3n completa en los principios y conceptos del an\u00e1lisis filogen\u00e9tico, e intercambio y discusi\u00f3n con colegas y profesores.<\/p>\n<div id='gallery-1' class='gallery galleryid-496 gallery-columns-3 gallery-size-thumbnail'><figure class='gallery-item'>\n\t\t\t<div class='gallery-icon portrait'>\n\t\t\t\t<a href='https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/vista-de-las-yungas.jpg'><img width=\"150\" height=\"150\" src=\"https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/vista-de-las-yungas-150x150.jpg\" class=\"attachment-thumbnail size-thumbnail\" alt=\"Vista de las Yungas\" loading=\"lazy\" aria-describedby=\"gallery-1-577\" \/><\/a>\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<figcaption class='wp-caption-text gallery-caption' id='gallery-1-577'>\n\t\t\t\tVista de las Yungas\n\t\t\t\t<\/figcaption><\/figure><figure class='gallery-item'>\n\t\t\t<div class='gallery-icon landscape'>\n\t\t\t\t<a href='https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/hostal-lluqana.jpg'><img width=\"150\" height=\"150\" src=\"https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/hostal-lluqana-150x150.jpg\" class=\"attachment-thumbnail size-thumbnail\" alt=\"Hostal Lluq&#039;Ana\" loading=\"lazy\" aria-describedby=\"gallery-1-574\" \/><\/a>\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<figcaption class='wp-caption-text gallery-caption' id='gallery-1-574'>\n\t\t\t\tHostal Lluq&#8217;Ana\n\t\t\t\t<\/figcaption><\/figure><figure class='gallery-item'>\n\t\t\t<div class='gallery-icon landscape'>\n\t\t\t\t<a href='https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/vista-de-los-alrededores.jpg'><img width=\"150\" height=\"150\" src=\"https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/vista-de-los-alrededores-150x150.jpg\" class=\"attachment-thumbnail size-thumbnail\" alt=\"\" loading=\"lazy\" aria-describedby=\"gallery-1-578\" \/><\/a>\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<figcaption class='wp-caption-text gallery-caption' id='gallery-1-578'>\n\t\t\t\tVista de los alrededores\n\t\t\t\t<\/figcaption><\/figure><figure class='gallery-item'>\n\t\t\t<div class='gallery-icon landscape'>\n\t\t\t\t<a href='https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/salon-de-clases-en-el-hostal.jpg'><img width=\"150\" height=\"150\" src=\"https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/salon-de-clases-en-el-hostal-150x150.jpg\" class=\"attachment-thumbnail size-thumbnail\" alt=\"\" loading=\"lazy\" aria-describedby=\"gallery-1-576\" \/><\/a>\n\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<figcaption class='wp-caption-text gallery-caption' id='gallery-1-576'>\n\t\t\t\tSal\u00f3n de Clases en el Hostal\n\t\t\t\t<\/figcaption><\/figure>\n\t\t<\/div>\n\n<p>El costo estimado (por confirmar) del curso ser\u00e1 de\u00a0ARS $5000, lo que incluir\u00eda la inscripci\u00f3n al curso, transporte, hospedaje y alimentaci\u00f3n.\u00a0La mala noticia es que el cupo m\u00e1ximo es de 20 alumnos, por razones log\u00edsticas. Los\u00a0interesados, por favor registrarse lo antes posible con Claudia Szumik, a szu(dot)claudia(at)gmail(dot)com, para de este modo tener\u00a0una lista de preinscripci\u00f3n (y ver si ser\u00e1 necesario hacer una selecci\u00f3n, aunque esperamos que nadie quede afuera).<\/p>\n<p>Futura informaci\u00f3n adicional ser\u00e1 puesta en nuestro Facebook de <a href=\"https:\/\/www.facebook.com\/groups\/350521085137870\/\">Investigadores y Becarios UEL<\/a> y en la <a href=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/\">p\u00e1gina de la UEL<\/a>.<\/p>\n<h2>Programa del Curso e informaci\u00f3n adicional<\/h2>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo:<\/strong>\u00a0An\u00e1lisis Filogen\u00e9tico y Uso de TNT.<\/li>\n<li><strong>Docentes:<\/strong>\u00a0<a href=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/author\/pablo-goloboff\/\">Pablo Goloboff<\/a>; colaborador: <a href=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/author\/santiago-catalano\/\">Santiago Catalano<\/a>.<\/li>\n<li><strong>Ayudantes de trabajos pr\u00e1cticos:<\/strong> <a href=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/author\/jorge-rafael-flores\/\">Jorge Flores<\/a>, <a href=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/author\/ambrosio-torres\/\">Ambrosio Torres<\/a>.<\/li>\n<li><strong>Horas y cr\u00e9ditos:<\/strong>\u00a0del 20 al 24 de Noviembre de 2017, con un total de 50 horas. Los certificados ser\u00e1n extendidos por la <a href=\"http:\/\/info.csnat.unt.edu.ar\/\">Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Tucum\u00e1n<\/a>.<\/li>\n<li><strong>Modalidad del curso:<\/strong>\u00a0te\u00f3rico-pr\u00e1ctico. Por un lado, se ver\u00e1n en profundidad las justificaciones y razonamientos para resolver distintos problemas de an\u00e1lisis filogen\u00e9tico, y los distintos m\u00e9todos para resolverlos. Por el otro, se realizar\u00e1n ejercicios, ilustrando los conceptos te\u00f3ricos dados, y capacitando al alumno en la resoluci\u00f3n de problemas pr\u00e1cticos que pueden surgir en el an\u00e1lisis de sus propios datos. El curso estar\u00e1 dividido en 8 unidades conceptuales, como se especifica en el temario. En la medida de lo posible, estas unidades ser\u00e1n discutidas progresivamente, de manera que los conceptos de las primeras unidades ser\u00e1n requeridos para la comprensi\u00f3n de las siguientes.<\/li>\n<li><strong>Requisitos, destinatarios:<\/strong>\u00a0el curso est\u00e1 dirigido sobre todo a licenciados en Biolog\u00eda (o carreras afines), que est\u00e9n realizando su doctorado, o comenzando a trabajar en an\u00e1lisis filogen\u00e9tico. Tambi\u00e9n a tax\u00f3nomos, sistem\u00e1ticos, y\/o paleont\u00f3logos que ya hayan realizado su doctorado, pero deseen actualizar y perfeccionar su conocimiento de m\u00e9todos de an\u00e1lisis filogen\u00e9tico. No es necesario tener conocimientos previos de an\u00e1lisis filogen\u00e9tico o de uso de TNT (u otros programas de filogenia), aunque esto es deseable: t\u00edpicamente, aquellos alumnos que ya tienen un conocimiento previo (como e.g. un curso de Sistem\u00e1tica Te\u00f3rica), pueden sacar mejor provecho del curso. El cupo del curso ser\u00e1 de 20 alumnos; si se llenare este cupo, se elegir\u00e1 dar lugar a aquellos interesados que ya est\u00e9n trabajando en el tema o que se considere podr\u00e1n sacarle mayor provecho al curso. <strong>Para esto, pedimos que por favor los interesados manden cuanto antes a szu(dot)claudia(at)gmail(dot)com sus datos (incluyendo lugar de trabajo y pa\u00eds), y una breve carta de intenci\u00f3n para justificar su inter\u00e9s en este curso.<\/strong><\/li>\n<\/ul>\n<h3>Temario preliminar del curso<\/h3>\n<ol>\n<li><em>Introducci\u00f3n y temas b\u00e1sicos; optimizaci\u00f3n de caracteres.<\/em> Parsimonia y sistem\u00e1tica filogen\u00e9tica. Optimizaci\u00f3n y mapeo de caracteres. Diferencia entre conjuntos de estados y\u00a0reconstrucciones de m\u00e1xima parsimonia; cambios espec\u00edficos. Input\/Output en TNT. Formatos de datasets. Uso de <a href=\"http:\/\/onlinelibrary.wiley.com\/doi\/10.1111\/j.1096-0031.2012.00400.x\/abstract\">GB-&gt;TNT<\/a> para crear matrices. Archivos de instrucciones. Opciones de salida gr\u00e1ficas (SVG, metafiles). Creaci\u00f3n de archivos por lotes y men\u00faes por lotes (\u00abbatch menus\u00bb). Edici\u00f3n de \u00e1rboles. Notaci\u00f3n parent\u00e9tica; manejo de archivos de \u00e1rboles. Grupos de \u00e1rboles, caracteres, y taxones.<\/li>\n<li><em>Optimalidad; C\u00e1lculo de \u00e1rboles.<\/em> B\u00fasquedas. Soluciones exactas, \u00e1rboles de Wagner, permutaci\u00f3n de ramas. \u00d3ptimos locales y globales. Uso de m\u00faltiples secuencias de adici\u00f3n. Mejorando las estrategias de b\u00fasqueda. Factores que afectan la eficiencia de las b\u00fasquedas. B\u00fasquedas bajo \u00abconstraints\u00bb y \u201ctimeouts\u201d.<\/li>\n<li><em>Ambig\u00fcedad y consensos; resumen y comparaci\u00f3n de resultados<\/em>. Ramas de longitud cero y reglas de colapsado. Tipos de consensos y su uso; mejorando \u00e1rboles de consenso, \u00e1rboles podados; supertrees. Comparaci\u00f3n de topolog\u00edas; distancias de SPR, de Robinson-Foulds, de tripletes, y coeficiente de distorsi\u00f3n. Formas de \u00e1rboles; comparaci\u00f3n.<\/li>\n<li><em>Caracteres continuos y landmarks.<\/em> M\u00e9todos de discretizaci\u00f3n. Squared changes \u201cparsimony\u201d y optimizaci\u00f3n de Farris. Rescalado. Problemas asociados con el tratamiento cl\u00e1sico de caracteres continuos. Landmarks; definici\u00f3n. M\u00e9todos propuestos para tratamiento de landmarks en filogenia. Morfometr\u00eda filogen\u00e9tica. Optimizaci\u00f3n de caracteres en 2D y 3D; m\u00e9todos. Implementaci\u00f3n en TNT; opciones y par\u00e1metros de b\u00fasqueda. M\u00faltiples configuraciones.<\/li>\n<li><em>Pesado de caracteres. Pesado sucesivo y pesos implicados.<\/em> Optimizaci\u00f3n auto-pesada. Refinando pesado de caracteres con bloques; tomando en cuenta entradas faltantes. Funciones de pesado definidas por el usuario. Pros y contras del pesado de caracteres.<\/li>\n<li><em>Apoyo de grupos. Concepto de apoyo de grupos.<\/em> Bremer supports y c\u00f3mo calcularlos; b\u00fasqueda de \u00e1rboles sub\u00f3ptimos. Problemas con Bremer supports; apoyos relativos y absolutos. Bremer support particionado e individual. Medidas basadas en remuestreos; efecto de estrategia de b\u00fasqueda y reglas de colapsado. Problemas con m\u00e9todos de remuestreo.<\/li>\n<li><em>B\u00fasquedas de \u00e1rboles en matrices grandes y dif\u00edciles.<\/em> Algoritmos especiales de b\u00fasqueda. B\u00fasquedas sectoriales. Ratchet y drifting. Fusi\u00f3n e hibridaci\u00f3n de \u00e1rboles. Combinando diferentes algoritmos. B\u00fasquedas dirigidas; estabilizaci\u00f3n de consensos. C\u00e1lculos r\u00e1pidos de consensos.<\/li>\n<li><em>M\u00e9todos basados en modelos como alternativa a MP.<\/em> Modelos probabil\u00edsticos; Neyman\/JC69 y refinamientos. C\u00e1lculo de score de \u00e1rboles; algoritmos de podado y principio de polea de Felsenstein (1981). Tasas m\u00faltiples. Modelos desvinculados (\u201cunlinked\u201d). Discusi\u00f3n de principales programas por ML (RAxML, IQTree, PhyML, PAUP*). M\u00e9todos bayesianos; justificaci\u00f3n; Teorema del Reverendo. Cadenas de Markov; resumen de los resultados. Discusi\u00f3n de m\u00e9todos basados en modelos vs. Parsimonia. Parameterizaci\u00f3n y estabilidad; realismo; identificabilidad; consistencia estad\u00edstica.<\/li>\n<\/ol>\n<p><img loading=\"lazy\" src=\"http:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/poster-del-curso-de-posgrado-analisis-filogenetico.jpg\" alt=\"\" width=\"540\" height=\"716\" class=\"aligncenter size-full wp-image-575\" srcset=\"https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/poster-del-curso-de-posgrado-analisis-filogenetico.jpg 540w, https:\/\/lillo.org.ar\/uel\/wp-content\/uploads\/poster-del-curso-de-posgrado-analisis-filogenetico-302x400.jpg 302w\" sizes=\"(max-width: 540px) 100vw, 540px\" \/><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Pablo Goloboff, autor de TNT (y algunos colaboradores de la UEL) dictar\u00e1n este curso de 50 horas, el cual no se imparte desde 2010; y se llevar\u00e1 a cabo del 20 al 24 de Noviembre de 2017, con puntaje por la Universidad Nacional de Tucum\u00e1n. 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