Fue creada bajo el nombre del Departamento de Zoología en el año 1942, en base al legado de Lillo y las colecciones de Schreiter y Shipton, a los once años del fallecimiento del Sabio. A partir de entonces y hasta la actualidad de han incrementado notablemente dichas colecciones y el número de investigadores, diversificándose así las ramas del quehacer científico. De tal manera, en la actualidad la Dirección de Zoología engloba a un núcleo de estudiosos en los distintos grupos zoológicos en sus diversos enfoques, especialmente de la fauna del Noroeste Argentino y en general de la República Argentina. Esta Dirección, a través de sus institutos, está comprometida con la comunidad mediante estudios de impacto ambiental, conservación de ecosistemas y la optimización en el manejo de la fauna silvestre. Es conocida su trayectoria como formadora de recursos humanos, capacitando y dirigiendo a becarios y tesistas; participa activamente del quehacer académico de la región mediante la organización y dictado de cursos de postgrado. Todas estas tareas de investigación, docencia y extensión, cuentan con el apoyo del personal técnico para la preparación y mantenimiento de sus colecciones y de la Sección Iconografía, ampliamente reconocida por la calidad de sus ilustraciones.