Junto con las obras modernas de consulta cotidiana, el Centro atesora un conjunto de joyas bibliográficas clásicas, antiguas y raras, que no tienen igual en el país.

Voyage aux Règions Equinoxiales du Nouveau Continent, por Alexander von Humboldt y Aimé Bompland, editado entre 1.799 y 1.834. La obra, con volúmenes en folio y en cuarto, es uno de los siete juegos que existen en el mundo de la edición Princeps.
 

La Naturalis Historiae Opus, de Cajus Plinius Secundus en edición de E. Cervicom de 1.524.Stripium Historiae Pemptades Sex Sive Libri XXX, de Rambertus Dodonaeus, editada en 1.583.Comentarios Reales de los Incas de Garcilaso de la Vega, segunda edición (1602).The Anatomy of Plants, de Nehemias Grew, editada en Londres en 1.682.Atlas Novus Sive Tabulae Geographicae de Mattheo Seutter, editado en 1.741 e iluminado a mano..

Uno de los orgullos del Centro es contar, en su acervo bibliográfico, con más de cien floras de diferentes regiones del mundo, entre las que se destacan el Prodomus Systematis Naturalis Regni Vegetabilis, de De Candolle, editada en 17 volúmenes, entre 1.824 y 1.873 y la Flora Brasiliensis de Martius, en 40 volúmenes aparecidos entre 1.840 y 1.906, y que fuera considerada como uno de los más grandes tratados botánicos.
La lista del patrimonio bibliográfico de incalculable valor artístico-científico es larga.
A las obras ya citadas, se podrían agregar: The Botanical Garden, de 1.794, con hojas fileteadas en oro e ilustradas a mano por los más destacados pintores del "siglo de oro" de la Botánica (Turpin, Redoute, Edwards y otros) y los grabados de Blake en las obras de Ch. Darwin (destacándose Tornado y Fertilization of Egypt).